Książka ta to opowieść, której głównym bohaterem i narratorem jest mały chłopiec, najprawdopodobniej żydowskiego pochodzenia. Akcja powieści rozgrywa się w czasie drugiej wojny światowej. Rodzice chłopca, aby uchronić dziecko przed nazistami, oddają go pod opiekę starej, wiejskiej znachorce. Gdy kobieta umiera, rozpoczyna się wędrówka chłopca po wsiach i lasach Polski wschodniej. Niewinne i naiwne dziecko tuła się od jednego gospodarza do kolejnego, zaznając coraz to większego okrucieństwa. Jest światkiem wielu drastycznych scen. Od brutalnej zabawy wiejskich chłopców zabijających wiewiórkę, do sceny zbiorowego gwałtu i okrutnego mordu wyklętej przez wieś kobiety. Początkowo bohater jest przerażony zachowaniem ludzi, w konfrontacji z jego dziecięcą psychiką obrazy tak straszne wydają się nie do zniesienia. Z czasem jednak oswaja się z wszechobecnym złem. Paradoksalnie, wraz z narastaniem naturalistycznych opisów okrutnych zachowań wieśniaków, maleje emocjonalny stosunek narratora do opisywanych wydarzeń. Wrażliwość dziecka ulega pauperyzacji.

Kosiński nie opisuje strasznych warunków życia w obozach koncentracyjnych i nie opowiada o milionach zabitych Żydów. Opowiada historię małego chłopca wśród ludzi, którzy nie są hitlerowcami, są Polakami, którzy są represjonowani przez nazistów, a mimo to zdają się udawać, że wojny nie ma, i nie dość, że nie zauważają cierpienia dziecka, to niektórzy z nich w znaczny sposób przyczyniają się do spotęgowania tego cierpienia. Książka Kosińskiego wywołała oburzenie wśród opinii publicznej i spotkała się z zarzutami o antypolskość. Jednak zadaniem „Malowanego Ptaka” nie była krytyka Polaków, a przedstawienie teorii zła przyrodzonego ludzkiej naturze. W zestawieniu z niewinnością dziecka, które nie ogarnia tego, co dzieje się wokół niego, problem ludzkiego okrucieństwa i krótkowzroczności jest znacznie podkreślony. Fakt, iż bohaterem jest dziecko, uruchamia wyobraźnię czytelnika. Oburza świadomość, że bohaterowie powieści są tak okrutni w stosunku do dziecka, w odbiorcy dają o sobie znać podstawowe ludzkie uczucia, empatia i współczucie dla chłopca, złość w stosunku do oprawców małego bohatera i wreszcie żal i zażenowanie ludzką umiejętnością ranienia drugiej osoby. Powieść, więc nie opowiada jedynie historii małego Żyda, a przekazuje uniwersalne prawdy, opowiada o zakorzenionym w człowieku źle. „Malowany Ptak” jest apelem do ludzkości, krytykuje zabobonność, krótkowzroczność i nietolerancję.